Выдержка из книги
Рябченко С.М.
ЯМР в медицине и биологии структура молекул, топография, спектроскопия in-vivo
Эмпирический потенциал F состоит из энергетических вкладов за счет ковалентных связей и из вкладов за счет электростатического взаимодействия, в принципе в расчете должны быть учтены все пары атомов, входящих в молекулу. Оказывается, что расчеты, проводимые по методу молекулярной динамики для макромолекул, кристаллическая структура которых известна, моделируют структуры, которые выглядят вполне правдоподобными, но при этом, как правило, не соответствуют нативным структурам. Этого и следует ожидать, так как в расчеты введены существенные приближения. Два из этих приближений совершенно очевидны. Во-первых, в большинстве расчетов пренебрегают взаимодействием с естественным окружением, например, с растворителем, и проводят расчет в вакууме, хотя из биохимии достаточно хорошо известно, что конформация протеина сильно зависит от растворителя. Во-вторых, в расчетах принимается, что продолжительность некоторых событий, например сворачивание протеина, составляет несколько пикосекунд, в то время как в действительности это событие длится несколько секунд. Даже при проведении расчетов с помощью больших компьютеров невозможно учесть большие временные интервалы, поскольку длительность отдельных шагов А /, которые выбираются для интегрирования уравнений движения, должна быть исключительно мала и равна, какправшю, нескольким фемтосекундам. Однако при проведении расчетов структур по данным ЯМР выбор этого параметра играет второстепенную роль, так как в данном случае в систему вводится дополнительная информация. Межатомные расстояния, которые получают из данных по ЯЭО, вводят в уравнения (3.20) с помощью псевдопотенциалов и таким образом определяют изгиб в определенном направлении.
