Полипептиды имеют цепное строение, в молекулах их аминокислоты могут соединяться друг с другом в различном порядке. При этом количество возможных комбинаций быстро растет с увеличением молекулярного веса полипептида; из десяти разных аминокислот может быть образовано около 3 / 4 миллиона полипептидов.