Аминокислотная замена

Cтраница 1

Аминокислотные замены, обусловливающие структурные отличия, обычно группируются в нескольких так называемых гипервариабельных участках. В нативной молекуле иммуноглобулина V-области легкой и тяжелой цепи соединены так, что их гипервариабельные участки образуют единый активный центр. В настоящее время установлено, что антигенсвязывающий участок образован 20 - 30 аминокислотными остатками вариабельной части каждой цепи. [2]

Множеств, аминокислотные замены в вариабельных частях L - и Н - цепей создают неисчерпаемый набор активных центров, способных специфически связываться с любой природной или искусственно синтезир. [3]

Чувствительность в определении единичных аминокислотных замен в случае моноклональных антител значительно выше по сравнению с антисывороткой и позволяет использовать моноклональные антитела даже для детекции тонких конформационных изменений молекулы белка. Благодаря высокой чувствительности, с которой моноклональные антитела определяют антигенные детерминанты, их можно использовать для точного установления границ и структуры детерминант, а также для идентификации и выделения чистых специфических пептидных фрагментов антигена. [4]

Эффективность аминоацилирования, осуществляемого нативной ( Thr-51 и модифицированной ( А1а - 51 и Рго-51 тирозил-т РНК-синтетазами1. [5]

Эти данные показывают, что несмотря на всю сложность прогнозирования результата специфических аминокислотных замен, с помощью описанного подхода все же можно идентифицировать боковые группы, замена которых приведет к улучшению кинетических свойств фермента. Кроме того, стало очевидно, что сродство данного фермента к субстрату, а также каталитическую эффективность реакции можно повысить in vitro, внося соответствующие изменения в клонированный ген. [6]

Эти мутации часто называют nonsense - мутациями в отличие от mis-sense - мутаций, при которых происходят аминокислотные замены. У мутанта с преждевременным окончанием синтеза полипептидной цепи синтезируется только часть продукта дефектного гена, после чего из-аа наличия терминирующего кодона полипептидная цепь освобождается с рибосом. [7]

При сравнении гомологичных белков, выполняющих разные функции, не предполагают и действительно часто не обнаруживают постоянства скорости фиксации аминокислотных замен. Это не создает больших помех при построении генеалогии белков, выполняющих различные функции, однако к датировке этапов эволюции на основе структурных сопоставлений таких белков нужно относиться с осторожностью. [8]

Это до некоторой степени повышает и точность, потому что в случае двойных и тройных нуклеотидных замен возможны более одной фиксированной аминокислотной замены в данном положении. Кроме того, многократные нуклеотидные замены могут соответствовать консервативным остаткам, замена которых может быть зафиксирована только в результате многократного нуклеотидного обмена. Таким образом, используемая шкала МЗО придает большие веса заменам в строго консервативных положениях. [9]

Для его осуществления необходимо знать: 1) точную нуклеотид-ную последовательность той области ДНК, которая соответствует мРНК - кодону, подлежащему изменению; 2) характер аминокислотных замен. Сначала выделяют одноцепочечную форму вектора ( плюс-цепь М13) и смешивают ее с синтетическим олигонуклеотидом, в точности комплементарным - за исключением одного нук-леотида - нужному сегменту клонированного гена. В случае, представленном на рис. 8.1, триплет АТТ, соответствующий изолейциново-му кодону AUU, нужно заменить на триплет СТТ, соответствующий лейциновому кодону CUU. Олигонуклеотид будет гибридизоваться с комплементарным участком клонированного гена в том случае, если: 1) он добавлен в количестве, во много раз превышающем количество ДНК М13; 2) неспаривающийся нуклеотид находится примерно посередине олигонуклеотида; 3) отжиг проводят при низкой температуре и высокой ионной силе. [10]

В этом случае каждому типу остатков приписывается определенное число, например от 1 до 20 для аминокислот, расположенных в порядке табл. 1.2. Та кое расположение есть одномерное представление вероятностей аминокислотных замен. [11]

Этот подход имеет два преимущества: 1) не нужно в точности знать, какую роль играет тот или иной аминокислотный остаток в функционировании белка: 2) поскольку в данном сайте происходят разные аминокислотные замены, могут случайно синтезироваться белки с разнообразными интересными и полезными свойствами. Конечно, если ни один из образующихся белков не обладает нужными свойствами, приходится все начинать сначала, синтезировав новый набор вырожденных праймеров, комплементарных другой области гена. [12]

Оказалось, что вырожденность генетического кода имеет несомненный биологический смысл, обеспечивая организму ряд преимуществ. В частности, она способствует совершенствованию генома, так как в процессе точечной мутации, вызванной химическими или физическими факторами, возможны различные аминокислотные замены, наиболее ценные из которых отбираются в процессе эволюции. [13]

Домены гомологичны [91], поскольку для них характерна одна и та же сложная топология ( 3-складчатых листов ( разд. В частности, точно сохраняется расположение 3-структур в области связывания NAD, как схематично показано на рис. 7.7. Это консервативное пространственное расположение выдержало много аминокислотных замен: не существует какой-либо заметной гомологии аминокислотных последовательностей двух любых из этих доменов. [14]

Однако, как показывает нижеследующий пример, к такому же результату могут привести и другие процессы. Поскольку аминокислотные последовательности обеих частей идентичны, а также идентичны с большим участком обычной сц-цепи, эта структурная дупликация должна была произойти совсем недавно. Если бы это событие произошло намного раньше, так что гомология последовательностей оказалась бы стертой аминокислотными заменами, вставками и делециями, различить дупликацию и последующее слияние генов, с одной стороны, и хромосомную аберрацию - с другой, было бы невозможным. Поэтому все очень давно возникшие случаи структурных повторений обычно относят к дупликациям генов, не пытаясь провести различия между разными механизмами. [15]

Страницы: 1 2