Кумулятивная вероятность

Cтраница 2

Метод Мак-Лахлана дает стандартную значимость для родства двух последовательностей. Поскольку кумулятивная вероятность учитывает биологические ограничения, налагающиеся на замену аминокислот ( хотя и в весьма обобщенном виде), она намного более достоверна, чем априорная вероятность. Уровень, выше которого стандартная значимость означает эволюционное родство, не является достаточно четким. [16]

Реализация по методу Монте-Карло для распределения. [17]

Предположим, что мы хотим провести мысленный эксперимент для пяти периодов времени. Для этого сначала строим график распределения кумулятивной вероятности, как это показано на рис. 2.14. Далее берем из таблицы случайных чисел ( приложение В. [18]

При сравнении свертывания цепей можно использовать среднеквадратичное Са-расстояние таким же образом, как использовалась сумма М, введенная для сравнений аминокислотных последовательностей. Однако если кумулятивная вероятность для М могла быть рассчитана путем сравнения со случайными аминокислотными последовательностями ( рис. 9.5, о), то в случае свертывания цепей ситуация более сложна, поскольку случайные укладки цепи неизвестны. [19]

Матрица сравнения Са - расстояний может выявить совпадение цепей. Структуры отдаленно родственных белков обычно сильно отличаются друг от друга за счет больших вставок и делеций, как это показано на рис. 9.4 для структур химотрипсина и протеазы В. Однако его опять-таки нельзя перевести в стандартную значимость подобия двух рассматриваемых белков, поскольку кумулятивные вероятности для среднеквадратичных Са-расстояний пока не известны. [20]

Страницы: 1 2