Cтраница 2
Задачи компьютерной биологии и особенно структурообразования поддаются эффективному распараллеливанию. Можно показать, что вычислительная сложность моделирования процесса структурообразования вторичных структур РНК имеет кубический рост в зависимости от длины молекулы. Особый интерес представляет изучение структурообразования длинных молекул. При этом квадратичный рост приходится на вычисление свободной энергии переходов от текущей структуры к потенциально возможным перестроенным структурам. Сами расчеты энергии структурных переходов могут вестись независимо друг от друга. Это определяет перспективность использования многопроцессорных систем для данного круга задач. [16]