Содержание - спиральная форма
Cтраница 1
Содержание спиральной формы составляет 10 % при комнатной температуре. В водных растворах происходит агрегация. На основании данных разностных ультрафиолетовых спектров, гель-фильтрации и седиментации предполагается [84] существование равновесия мономер - димер - гексамер. [1]
В табл. 13 приведено наблюдаемое содержание спиральных форм в некоторых белках, определенное тремя различными методами. Расхождение между результатами, полученными этими тремя методами, может стать источником дополнительной информации, если принять во внимание, какую величину в действительности позволяет определить каждый из них. Как было указано выше, даже при измерении числа медленно обменивающихся атомов водорода двумя разными методами - на основании данных о плотности и на основании поглощения в инфракрасной области - получаемые величины имеют различный смысл. В большинстве случаев избыточное содержание спиральных структур, определенное по дисперсии оптического вращения, меньше величин, получающихся при использовании двух других методов. [2]
Когда разница между оценками содержания спиральной формы из параметров а0 и Ь0 составляет меньше 15 %, можно считать, что молекула, по-видимому, состоит только из клубкообразной и а-спиральной конформаций и оценка количества спиральной формы с помощью параметра Ь0 верна. Из-за чрезмерной чувствительности параметра а0 к растворителю и влиянию боковых цепей ( см. табл. 17) он не может служить количественной мерой спиральности. Однако при правильном выборе значений для предельных случаев полностью а-спиральной и полностью клубкообразной конформаций ( значения, вычисленные с помощью соответствующих значений для параметров МДУД) параметры ай и Ь0 могут дать качественную информацию о присутствии других структур, подобно тому как это делается с помощью параметров МДУД. [3]
Следовательно, независимо от того, какое двухчленнсе уравнение используется, для оценки содержания спиральной формы необходимо оценить только два параметра. [4]
Таким образом, для значений А 0, отличных от 209 ммк, линейная зависимость Ь0 от содержания спиральной формы должна быть проверена экспериментально г. Такая калибровка приводит к необходимости пользоваться модифицированным двухчленным уравнением Друде или уравнением Моффита с параметром К0 209 ммк. [5]
 |
Изменение удельного оптического вращения яичного альбумина35 в водных растворах мочевины при 30 С. Цифры на кривых-концентрация мочевины. Шкала времени разорвана при 200, 500 и Ю5 мин. [6] |
Проводилось два типа измерений: определялось оптическое вращение, связанное с упорядоченностью внутри макромолекул ( например, с содержанием спиральных форм, см. раздел 6), и определялась вязкость, связанная с эффективным гидродинамическим объемом. [7]
Из рассмотрения величин R100 с очевидностью следует, что различия в значениях сил вращения не объясняются различиями в содержании спиральной формы. Тогда из этих ограниченных данных должно явствовать, что отношения сил вращения для пептидных переходов в далекой ультрафиолетовой области зависят от боковой цепи. Этот факт сказывается на оценке спиральности на основании величин сил вращения; он будет обсужден в разд. [8]
Сейчас становятся доступными приборы для измерения ДОВ в далекой ультрафиолетовой области спектра, и поэтому в некоторых случаях можно делать заключение о конформации и содержании спиральной формы с помощью прямых измерений эффектов Коттона в этой области спектра. [9]
К - длина волны; Я0 - длина волны, совпадающая с длиной волны поглощения белка в УФ-области; [ а ] - величина удельного оптического вращения; ас - постоянная, характеризующая взаимодействие между молекулами растворителя и макромолекулами белка, которая учитывает содержание спиральных форм в структуре и зависит от природы боковых цепей аминокислотных веществ; Ь0 - постоянная, характеризующая Конформацию полипептидной цепи и количество спиральных участков в ней. [10]
В результате измерений, проведенных в коротковолновой части полосы поглощения тема, для миоглобина получены следующие значения параметров: Ь0 - 390 и А 0 216 ммк. Учитывая это значение АО ( большее чем 212 ммк) и считая, что при 100 % - ной спирализации Ь0 должно быть равно - 535, получаем, что в молекулах растворенного миоглобина содержание спиральных форм составляет 100 390 / 535 73 %; это прекрасно согласуется с содержанием спиральных форм, определенным по данным рентгеноструктурного анализа для кристаллического миоглобина. Такое хорошее согласие подкрепляет нашу уверенность в том, что конформация молекул, исследуемых кристаллографами, подобна ( если не идентична) кон-формации молекул в растворе и что результаты, полученные с помощью рентгеноструктурного анализа, можно использовать для объяснения биологических свойств молекул. [11]
В результате измерений, проведенных в коротковолновой части полосы поглощения тема, для миоглобина получены следующие значения параметров: Ь0 - 390 и А 0 216 ммк. Учитывая это значение АО ( большее чем 212 ммк) и считая, что при 100 % - ной спирализации Ь0 должно быть равно - 535, получаем, что в молекулах растворенного миоглобина содержание спиральных форм составляет 100 390 / 535 73 %; это прекрасно согласуется с содержанием спиральных форм, определенным по данным рентгеноструктурного анализа для кристаллического миоглобина. Такое хорошее согласие подкрепляет нашу уверенность в том, что конформация молекул, исследуемых кристаллографами, подобна ( если не идентична) кон-формации молекул в растворе и что результаты, полученные с помощью рентгеноструктурного анализа, можно использовать для объяснения биологических свойств молекул. [12]
Однако нельзя получить новую информацию, пытаясь расширить специальную область за пределы той, в которой данные по ДОВ описываются уравнением Моффита. Должно быть ясно также, что любая попытка получить из уравнения Моффита информацию о других упорядоченных конформациях, помимо а-спиральной, в настоящее время бессмысленна. Наконец, уравнение Моффита содержит только один параметр, позволяющий оценивать содержание спиральной формы, а в модифицированном двухчленном уравнении Друде имеются два независимых параметра. Оно позволяет, таким образом, судить о присутствии других упорядоченных структур, если соотношение между двумя параметрами отлично от ожидаемого для смеси а-спиральной и клубкообразной конформаций. [13]
Сейчас становятся доступными приборы для измерения ДОВ в далекой ультрафиолетовой области спектра, и поэтому в некоторых случаях можно делать заключение о конформации и содержании спиральной формы с помощью прямых измерений эффектов Коттона в этой области спектра. Более того, даже тогда, когда возможны измерения вращения в далекой ультрафиолетовой области, точность определения содержания спиральной формы может быть больше, если пользоваться этим новым методом, чем при измерениях впадины у 233 ммк и пика у 198 ммк. [14]
В этом и предыдущем сообщениях [28] мы показали, что новое уравнение ( 7) описывает данные по ДОВ в видимой и близкой ультрафиолетовой области спектра полипептидов и белков, имеющих а-спиральную и клубкообразную конформации в воде и органических растворителях. Это новое уравнение является модифицированным двухчленным уравнением Друде. Было показано, что два параметра вращения - Aia р) ц9з и Аа, Р225 - являются параметрами, характеризующими содержание спиральной формы. [15]
Страницы: 1 2