Выбор - конформация
Cтраница 1
Выбор конформации определяется, вероятно, одними и теми же факторами - условиями внутри - и межмолекулярных невалентных взаимодействий. [1]
Выбор конформации явно определяется условиями упаковки комплексов в кристалле. [2]
 |
Правило Прелога стерического контроля асимметрического синтеза в ряду сложных эфиров а-кетокислот. [3] |
Выбор конформации с малой и средней группами в заторможенном положении по отношению к карбонилу сложноэфирной группы в значительной степени сделан интуитивно. Если выбрана заторможенная конформация, то отсюда следует, что конформации 16А и 16Б из трех конформации 16, соответствующих вращению вокруг С - 0-связи, создают меньше стерических препятствий подходу к а-кетогруппе по сравнению с подходом к ней со стороны карбонильной группы, тогда как только в 16В возникает меньше стерических препятствий атаке со стороны карбонильной группы. [4]
Действительно, выбор конформации R или В определяется двугранным углом г 5, который входит в оба фрагмента, и только конформация типа L, встречающаяся реже, чем R или В, зависит от обоих углов. [5]
В некоторых случаях [24, 48, 55-60] правильность выбора конформации могут подтвердить величины дальних спин-спиновых взаимодействий между протонами, разделенными четырьмя ( 47) или пятью ( 5 /) простыми связями. Было обнаружено [48, 56, 57] влияние ориентации на взаимодействие через четыре связи, причем в случае расположения этих связей в планарной зигзагообразной конформации ( так называемой [60, 61] W - или М - конформации) величина 4 / приближается к максимальному значению. [6]
К счастью, полная конформация кресла для данной молекулы уникальна, и, следовательно, не возникает неясности в выборе конформации, как это бывает в случае формы лодки. [7]
Конечно, все сказанное здесь носит скорее гипотетический, оценочный характер и, вероятно, еще недостаточно для конструктивного решения проблемы. Как мы указывали, неопределенности, связанные с выбором конформации отдельных остатков и расплывание на больших расстояниях приводят к тому, что главную роль в формировании пространственной структуры могут играть уже гидрофобные взаимодействия. Если предположить, что только эти взаимодействия формируют пространственную структуру, то для поиска оптимальной структуры необходим совсем иной критерий. Тогда молекулу белка, грубо говоря, можно представить в виде бус, в которых более или менее случайно разбросаны белые и черные бусинки, соответствующие гидрофильным и гидрофобным остаткам. Решение оптимальной задачи в этом случае сводится к нахождению такой пространственной структуры, в которой возможно большее число белых бусинок находится на поверхности глобулы, а возможно большее число черных - внутри и в контакте друг с другом. Конечно, имея ввиду формирование структуры белка с N-конца, требуется найти соответствующее метастабильное состояние. [8]
Однако аргументация Де Коэна представляется сомнительной. Как уже было показано, неопределенности, связанные с выбором конформации отдельных остатков, и расплывание на больших расстояниях приводят к тому, что главную роль в формировании пространственной структуры белка начинают играть гидрофобные взаимодействия. Если, предположить, что только эти взаимодействия формируют пространственную структуру, то для поиска оптимальной конформации необходим совершенно иной критерий. [9]
Для экспериментального доказательства той или иной конформации молекулы углевода используются физические и химические методы. Полуэмпирические расчеты молекулярного вращения также дают возможность выбора конформации. Особенно широко в кон-формационном анализе углеводов была использована способность Сахаров образовывать медные и боратные комплексы. При этом молекулярное вращение сахара также изменяется. Этот эффект незначителен, если комплексообразование мало сказывается на геометрии молекулы, и он достигает больших величин, если формирование комплекса требует искажения исходной конформации. Расстояние между атомами кислорода не должно превышать 3 45 А. [10]
Предусмотрена возможность задать направление какого-либо вектора относительно направлений только двух векторов. Тогда в соответствующей строке массива ENGL в качестве третьего угла записывается нуль, а в соответствующей строке массива NV в качестве третьего вектора - произвольное целое число. В подобном случае задача допускает два решения. Чтобы сделать выбор между ними, вычисляется сумма расстояний от атома, являющегося концом данного вектора, до атомов, которые служат концами ранее зафиксированных векторов. Решение, соответствующее максимуму этой суммы, считается истинным. Это, как правило, соответствует выбору более устойчивой конформации молекулы. В случае опоры на два вектора имеются некоторые ограничения. [11]
Страницы: 1