Cтраница 2
Сами авторы замечают, что данные по относительным частотам расщепления связей были, получены для действия а-амилазы предполагая отсутствие множественной атаки. Дополнительные комментарии в работе [10] отсутствуют. [16]
Как сообщают авторы работы [9], им не удалось добиться полного количественного согласования расчетных данных, базирующихся на гипотезе о множественной атаке, с экспериментальными данными по распределению продуктов ферментативного гидролиза амилозы. [17]
Таким образом, модель действия деполимераз ( как эндо -, так и экзодействия), базирующаяся на представлении о множественной атаке, может быть с успехом заменена моделью, исходящей из картирования активного центра и базирующейся на переменной величине гидролитического коэффициента действия фермента в зависимости от степени полимеризации субстрата и характера связывания его с активным центром. [18]
Чтобы сразу обозначить свою позицию, автор подчеркивает, что ни в одной из известных ему работ не дано четких доказательств существования множественной атаки и практически во всех случаях можно привести альтернативные объяснения наблюдаемых эффектов, базирующиеся на более привычных понятиях. [19]
Подобный механизм может привести к существованию корреляции между временем жизни фермент-субстратного комплекса и числом мономерных единиц субстрата, проскальзывающих вдоль активного центра в ходе множественной атаки. [20]
Исходя из принятой методики расчета авторы работы [ И ] нашли, что с укорачиванием субстрата ( от степени полимеризации 155 до 51) степень множественной атаки последовательно возрастает ( от 5 8 до 7 9), хотя из общих соображений следовало бы ожидать уменьшения. [21]
Степень множественной атаки характеризуется числом молекул продукта, образующихся в результате одной успешной встречи фермента с субстратом, за вычетом двух молекул продукта, которые должны образоваться даже в отсутствие множественной атаки. Отсюда видно, что повторная ( не по механизму множественной атаки) деструкция продукта реакции, образующегося после расщепления исходного субстрата, может быть легко и ошибочно принята за доказательство в пользу множественной атаки. [22]
Ясно, что при изучении амилолитического гидролиза мальтоолигосахаридов в большинстве случаев почти невозможно избежать ложных эффектов при повторной ферментативной атаке образующихся продуктов амилолиза, которые ошибочно могут быть отнесены за счет множественной атаки. [23]
Из них, по предположению авторов работы [3], первая атака происходит по неупорядоченному механизму, а число остальных атак ( 2 5 - 1 1 5) может быть рассмотрено как показатель множественной атаки. При этом, однако, не принималась в расчет возможность новой атаки образующихся линейных мальто-декстринов а-амилазой, которая также должна была привести к уменьшению степени полимеризации продуктов реакции и, следовательно, к появлению ложного эффекта множественной атаки. [24]
Вместе с тем вся методология обработки экспериментальных данных базируется на весьма сильном допущении, что время, требуемое на единичный проскок субстрата ( проокок на один мономерный остаток) вдоль активного центра в ходе множественной атаки, является характеристической величиной, постоянной для действия данного фермента, и независимой от степени полимеризации субстрата или от степени заполнения других сайтов активного центра мономерными остатками. [25]
Авторы работы [18] показали, что, введя представление о множественной атаке в кинетическую схему ( см. схемы 52 - 53), можно согласовать теоретические расчеты и экспериментальные данные для действия Така-амилазы А, если степень множественной атаки равна 1 6 ( рассчитано по формуле 62), и субстрат проскальзывает вдоль активного центра на мальтотриозный фрагмент. Согласование экспериментальных и теоретических данных для действия глюкоамилазы не совсем удовлетворительное даже в оптимальном случае ( степень множественной атаки 8 0 и периодическое проскальзывание на одну глюкозную единицу), хотя и лучшее, чем без введения механизма множественной атаки. [26]
Если бы последующая экспериментальная проверка этого предположения показала, что рН - зависимость начальной скорости гидролиза исходной мальтозы смещена в щелочную сторону по сравнению с рН - зависи-мостыо гидролиза, например, тетра - или пентамеров, то подтвердилась бы именно такая трактовка, нежели предположение о рН - зависимости эффективности множественной атаки. [27]
Накопленный к настоящему времени опыт теоретического рассмотрения кинетики ферментативной деструкции полимеров позволяет утверждать, что на экспериментально определяемую величину константы Михаэлиса должны влиять гетерогенность состава полимерного субстрата ( по типу мономерных звеньев), различия в типах статистического распределения полимеров по степени полимеризации, конкурентное самоингибирование субстратом ( или его фрагментами), множественная атака. Конкурентное самоингибирование уменьшает величину эффективной константы Михаэлиса. [28]
При этом априори принималось, что короткие олигосахариды образуются только в результате множественной атаки. Полученные величины степени множественной атаки оказались равны 7 0 для u - амилазы из поджелудочной железы свиньи, 3 0 - для а-амилазы из слюны человека; 2 9 - для а-амилазы из Aspergillus oryzae и для сравнения 1 9 для 1 М серной кислоты при 60 С. [29]
По-видимому, одноцепочечный механизм является чисто гипотетическим, и на практике он не наблюдался. Промежуточный случай получил название множественная атака, и при его рассмотрении предполагается, что после образования комплекса фермента с полимерным субстратом по закону случая и первого каталитического акта фермент в течение некоторого времени не диссоциирует из комплекса с оставшимся фрагментом субстрата. [30]