Cтраница 4
При этом состав продуктов действия одного из ферментов более характерен для неупорядоченного ( многоцепочечного) способа действия по сравнению с действием других ферментов. Кроме того, практически ни в одной из приведенных нами работ не вводились количественные поправки на возможную повторную атаку ( вторичный гидролиз образующихся продуктов реакции), исходя из кинетических параметров ферментативного гидролиза олигомеров с различной степенью полимеризации. Иначе говоря, авторы, априори принимая только механизм множественной атаки, не делают контрольных расчетов по альтернативным механизмам ферментативного гидролиза полимеров. [46]
Как неоднократно указывалось выше, это наиболее характерный признак действия деполимераз, и в рамках кинетики и субстратной специфичности действия ферментов он обусловлен различной зависимостью кинетических параметров ферментативной реакции от степени полимеризации ( длины цепи) олигосахаридов. С точки зрения термодинамики действия деполимераз этот характерный признак объясняется различным числом сайтов в активном центре фермента, различным их сродством к мономерным остаткам субстрата и положением каталитического участка в активном центре. Как видно, и в этом случае введение гипотезы о множественной атаке было излишним и преждевременным, так как экспериментальные данные, полученные авторами работы [16], не были подвергнуты тщательному анализу. [47]
На кинетику гидролиза значительное влияние оказывает и изменяющаяся степень сродства продуктов гидролиза к ферменту. Например, гидролиз глюкоамилазой плесневых грибов замедляется на коротких цепях. Гидролиз олигосахаридов происходит либо по многоцепочечному, либо по комбинированному способу с уменьшением степени множественной атаки до единицы по мере укорочения цепей субстрата. Таким образом, гидролиз глюкоамилазой в присутствии а-амилазы ускоряется только в начальных стадиях процесса. [48]
Наконец, с помощью численного моделирования в работе [ 111 была проверена значимость приближения о малых концентрациях субстрата, меньших Km, в реакционной системе. Было показано, что повышение начальной концентрации субстрата до значений, примерно равных константе Ми-хаэлиса, не влияло существенно на результаты моделирования. Таким образом, критерии, предложенные Мазуром [ 8, 111 и основывающиеся на форме кинетической кривой образования мономера при действии эндодеполимеразы на полимерный субстрат, могут быть использованы для дискриминации механизмов неупорядоченной и множественной атаки. [49]