Cтраница 2
В табл. 4.11 указана частота возникновения водородных связей между молекулами воды и амидной и карбонильной группами главной цепи в нескольких кристаллических структурах белков. Очевидно, что число связей ( W) O - Н О С всегда превышает число связей N - Н O ( W) независимо от того, рассматриваются ли только внутренние молекулы воды или все молекулы воды, положение которых определено в кристаллической структуре белка. Из этих данных следует, что энергия взаимодействия молекулы воды с пептидной карбонильной группой больше, чем с пептидной амидной группой, что согласуется с упоминавшимися ранее результатами исследований амидов. Наибольший интерес в структурном аспекте вызывают молекулы воды, обнаруживаемые во внутренней полости белка. На рис. 4.11 дано схематическое изображение водородных связей, образуемых 25 внутренними молекулами воды в эластазе. В рубредоксине 11 из 127 молекул воды образуют своими атомами кислорода по пять водородных связей. Внутренние молекулы воды в упомянутых выше белках преимущественно образуют водородные связи с нейтральными гидрофильными группами, амидными группами главной и боковых цепей и боковыми гидроксильными группами. Лишь небольшая доля водородных связей образуется с протонированной аминогруппой и карбоксилатной группой боковых цепей. По-видимому, во внутренней части белка не существует молекул воды, непосредственно связанных с какой-либо ионной парой. [16]