Разрешенная область
Cтраница 3
Основные черты конформационных карт дипептидов, несомненно, должны сохраняться в полипептидах; разница состоит только в том, что благодаря взаимодействию пептидных единиц, находящихся в соседних витках спирали, разрешенные области несколько уменьшаются, а энергетические контуры сужаются. Как и в случае дипептидов, закономерности, наблюдающиеся на конформационных картах полиаланина, являются общими для всех аминокислотных остатков, содержащих атом СР. [31]
Классическая энергия этого решения равна нулю. Таким образом, в классически разрешенной области, как и в подбарьерной, существенна всего одна траектория. Если отскоковая траектория Чъ ( т) известна явно, то для нахождения классической траектории после выхода из-под барьера q ( t) можно воспользоваться следующим соображением. [32]
Классическая энергия этого решения равна нулю. Таким образом, в классически разрешенной области, как и в подбарьерной, существенна всего одна траектория. [33]
Метод Делоне проливает новый свет на понятие вырожденные системы старой квантовой теории. Если траектории полностью заполняют разрешенную область пространства конфигураций, то система не вырождена и разделение переменных возможно только в координатах одного вида. [34]
Поместим в каждой такой точке по частице и дадим им возможность свободно падать в данном поле. Очевидно, что соответствующие траектории заполняют всю классически разрешенную область. Совершенно ясно, что частица, начавшая движение из точки х с импульсом - р, пойдет по рассматриваемой траектории до точки поворота и вернется обратно по этой же траектории. Такую замкнутую вырожденную петлю мы и должны отождествить с контуром Tj в осцилляционных членах. [35]
Для нахождения разрешенных конформации каждое вращение представляется матрицей и координаты атомов рота-мера вычисляются по методике, описанной в первом обзоре. Включение в рассмотрение атомов водорода оказывает заметное влияние на разрешенные области. В то же время существенно, что присоединение пуринового или пиримидинового основания не изменяет конформационной свободы мономеров. [36]
 |
Рибозофосфатная ница в конформацпонных метрах Э, и со. [37] |
Для нахождения разрешенных конформаций каждое вращение представляется матрицей, и координаты атомов ротаметра вычисляются по методике, описанной в разделе 5 гл. Включение в расчет атомов водорода оказывает заметное влияние на разрешенные области. [38]
Количество возможных здесь ситуаций практически бесконечно, и ни одна из них не обладает предпочтительностью. Поэтому распределение соответствующих конформационных точек ф, ty в разрешенной области носит случайный характер; состояние, отвечающее средней скрученной р-структуре, находится в центре разрешенной области. [39]
С этой формулой следует сопоставить формулу в 2 ( т) на предмет отыскания сильных связей. На рис. 2 - 17, б приведены результаты анализа ошибки в виде разрешенных областей параметров щ и, в которых односторонняя конвективная связь может рассматриваться как слабая или сильная. [40]
Показано, что при всех перечисленных условиях метод поиска по Зайделю оказывается более эффективным, нежели градиентные методы. Он обеспечивает большее быстродействие поиска и быстрый выход из запретной области при пересечении границ разрешенной области поиска. [41]
Для этого напомним выписанное в приложении Д соответствующее асимптотическое разложение функции Эйри. Из формулы (5.21) следует, что положительные значения аргумента функции Эйри соответствуют классически недоступной области потенциала, в то время как отрицательные значения описывают классически разрешенную область. [42]
Количество возможных здесь ситуаций практически бесконечно, и ни одна из них не обладает предпочтительностью. Поэтому распределение соответствующих конформационных точек ф, ty в разрешенной области носит случайный характер; состояние, отвечающее средней скрученной р-структуре, находится в центре разрешенной области. [43]
Карта аланинового дипептида является наиболее подходящей для анализа двугранных углов ср и г э в известных белках ( таблицы значений р и г) для миозина и лизоцима приведены в обзоре [19]), поскольку все аминокислоты, за исключением глицина ( и занимающего особое положение пролина) содержат атом Ср, ограничивающий конформационную свободу аланинового дипептида. В работах [91, 19] был проведен такой анализ: точки, соответствующие конформациям отдельных звеньев лизоцима и миоглобина были нанесены на карты - и при этом оказалось, что действительно громадное большинство точек попадает в разрешенные или частично разрешенные области. [44]
Основные черты конформационных карт дипептидов справедливы и для полимеров; разница состоит только в том, что благодаря взаимодействию пептидных единиц, находящихся в соседних витках спирали, разрешенные области несколько уменьшаются, а энергетические контуры сужаются. Сравнение ее с картой метиламида Л - ацетил - Ь - аланина ( см. рис. 8.4) показывает, что границы областей резко сузились, в особенности для форм R и L, более того, полностью разрешенная область R состоит теперь уже из двух частей, и только область В осталась практически неизменной. Последнее легко понять, ибо в области В соседние пептидные единицы максимально удалены. [45]
Страницы: 1 2 3 4