Олигорибонуклеотида
Cтраница 1
Олигорибонуклеотиды можно получать синтетически, используя оба метода, как фосфитамидный, так и Н - фосфонатиый, и синтоны, содержащие обратимо защищенную 2 - ОН-группу. [1]
Короткие олигорибонуклеотиды могут инициировать синтез РНК с помощью РНК-полимеразы в присутствии ДНК-затравки. [2]
Аналогично с помощью дициклогексилкарбодиимида могут быть получены олигорибонуклеотиды. [3]
 |
Схематическое изображение непрерывного и прерывистого синтеза цепей ДНК при репликации. [4] |
Как было указано, инициация биосинтеза дочерних цепей ДНК требует предварительного синтеза на матрице ДНК необычного затравочного олигорибонуклеотида, названного праимером, со свободной гидроксильнои группой у С-3 рибозы. Этот короткий олигорибонуклеотид синтезируется комплементарно на матрице ДНК при участии особого фермента-прай-мазы, наделенной РНК-полимеразной активностью. [5]
Разделив продукты исчерпывающего или частичного гидролиза РНК с помощью рибонуклеазы, структуру большинства РНК устанавливают путем сравнения нуклеотидных последовательностей перекрывающихся фрагментов. Каждый индивидуальный олигорибонуклеотид подвергают частичному гидролизу с помощью менее специфичной рибонуклеазы ( например, с помощью рибонуклеазы Т2), которая расщепляет все фосфоди-эфирные связи. Реакцию проводят в таких условиях, чтобы получить набор фрагментов, различающихся по длине на один нуклеотидный остаток. С помощью двумерной гомохроматографии на пластинках с DEAE-целлюлозой разделяют эти продукты и по характеристическому изменению подвижности укороченных на одно звено фрагментов судят о природе нуклеотид-ного остатка, который в исходном олигорибонуклеотиде занимал соответствующее положение. [6]
 |
Схематическое изображение непрерывного и прерывистого синтеза цепей ДНК при репликации. [7] |
Как было указано, инициация биосинтеза дочерних цепей ДНК требует предварительного синтеза на матрице ДНК необычного затравочного олигорибонуклеотида, названного праимером, со свободной гидроксильнои группой у С-3 рибозы. Этот короткий олигорибонуклеотид синтезируется комплементарно на матрице ДНК при участии особого фермента-прай-мазы, наделенной РНК-полимеразной активностью. [8]
Некоторые олигонуклеотиды наиболее удобно получать расщеплением соответствующих полимеров. Это относится к гомогенным олигорибонуклеотидам. Xp) nYp, которые легко получить, расщепляя продукт полимеризации ррХ и ppY ( под действием полинуклеотидфосфорилазы) нуклеазой, специфичной к остатку Yp. [9]
Для образования олигонуклеотидов из нуклеозидов необходимы такие методы, в которых обеспечивается фосфорилировапне и связывание только 5 - и З - гкдроксильных групп. Поэтому 2 -гидроксильная группа в олигорибонуклеотидах должна быть защищена. [10]
Для образования олигонуклеотидов из нуклеозидов необходимы такие методы, в которых обеспечивается фосфорилировапие и связывание только 5 - и З - гкдрокслльных групп. Поэтому 2 -гидроксильная группа в олигорибонуклеотидах должна быть защищена. [11]
Последовательное отщепление нуклеотидов может быть осуществлено также с помощью полинуклеотидфосфорилазы ( см. стр. Продуктами катализируемой этим ферментом реакции олигорибонуклеотида с фосфорной кислотой являются нуклеозид-5 - дифосфаты. [12]
Этап I -инициация биосинтеза ДНК-является началом синтеза дочерних нуклеотидных цепей; в инициации участвует минимум восемь хорошо изученных и разных ферментов и белков. Первая фаза-это, как указано ранее, ферментативный биосинтез на матрице ДНК необычного затравочного олигорибонуклеотида ( праймера) со свободной гидроксиль-ной группой у С-3 рибозы. Инициация представляется единственной стадией репликации ДНК, которая весьма тонко и точно регулируется, однако детальные механизмы ее до сих пор не раскрыты и в настоящее время интенсивно исследуются. [13]
Единственным исключением служат РНК-синте-тазы, которые значительно более эффективно используют в качестве матрицы РНК соответствующих фагов. Для терминальной дезоксинуклеотидилтрансферазы затравкой могут служить как полидезоксинуклеотиды, так и олигодезоксинуклеотиды, начиная с тринуклеозиддифосфата. Эффективными затравками реакции, катализируемой полинуклеотидфосфорилазой, являются низкомолекулярные олигорибонуклеотиды, в том числе динуклеозидмонофос-фаты. В реакции, катализируемой ДНК-полимеразой, в качестве матрицы могут выступать полидезоксинуклеотиды и некоторые по-лирибонуклеотиды. Однако полимеризация происходит и в присутствии коротких олигодезоксинуклеотидов. Очень медленная полимеризация наблюдается уже с тринуклеозиддифосфатами, заметно больше скорость реакции с гепта - декадезоксинуклеотидами. РНК-полимеразы из микроорганизмов могут использовать в качестве матрицы одно - и двухцепочечные полидезоксирибонуклеотиды и полирибонуклеотиды, а также олигодезоксирибонуклеотиды со степенью полимеризации 5 и выше и олигорибонуклеотиды приблизительно такого же размера. [14]
ДНК-полимеразы I, но способный синтезировать ДНК с нормальной скоростью. ДНК-полимераза I не наделена способностью инициировать синтез цепей ДНК de novo. Одним из хорошо изученных ферментов, участвующих в стадии инициации репликации ДНК, является специфическая клеточная РНК-полимераза, названная праймазой, которая катализирует синтез короткого олигорибонуклеотида ( от 10 до 60 нуклеотидов), т.е. праймера, с которого затем начинается синтез ДНК. Праймазы различаются как по структуре, так и по специфичности действия. Получены новые данные о существенной роли праймасомы в каталитическом действии фермента. Праймасома представлена ансамблем из 7 различных субъединиц, включающих около 20 полипептидов общей мол. В состав праймасомы входит также комплекс белков dna В и dna С, который вблизи репликационной вилки периодически участвует в формировании специфической вторичной структуры ДНК, подходящей для узнавания праймазой. [15]
Страницы: 1 2