Связывание - лиганд
Cтраница 3
Параметр tf учитывает уменьшение числа возможных положений на полимере для второй молекулы лигаида вследствие присутствия первой молекулы. Связывание последовательных лигандов происходит не независимо. [31]
Для решения различных вопросов, встающих при исследовании структуры и функции ферментов, часто используется подход, связанный с введением в активный центр фермента аналогов кофермента, субстрата или ингибиторов реакции. В то же время в ряде случаев необходимо, чтобы активный центр мог свободно взаимодействовать с участниками реакции и ее ингибиторами. Информация о связывании лигандов в активном центре в этом случае может быть получена из других областей молекулы белка, чувствительных к состоянию активного центра. [32]
 |
Схема расположения полипептидной цепи и группы тема в молекуле цито-хрома Ьъ. [33] |
Интересно сравнить структуру цитохрома Ь со структурой других гемопротеидов - миоглобина, гемоглобина и цитохрома с. Аминокислотные последовательности полипептидной цепи цитохрома Ь5, миоглобина и а - и р-цепей глобина очень близки. Однако способность к связыванию лигандов и физиологические функции этих гемопротеидов совершенно различны, что обусловлено различием их вторичной и третичной структур. [34]
Используемая для краун-эфиров сокращенная довольно проста: первое число означает общее число атомов в i це, а второе - общее число гетероатомов. Легко усмотреть аналогию между такими комплексами, имеющими полость для связы-лиганда L, и активным центром фермента, специфически свой субстрат. Размер макроцикла может меняться и тем самым обеспечивать связывание лигандов разных размеров. Циклические полиэфиры типа краун сравнительно легко можно получить и подвергнуть разнообразным структурным модификациям. [35]
ИК-спектры адсорбированной окиси углерода говорят о существовании двух ее форм [22, 23], одна из которых ( мостико-вая) включает два поверхностных атома металла, а другая ( линейная) - один такой атом. Модели, в которых участвует один атом металла, по существу, идентичны схеме описывающей связывание лигандов в обычных моноядерных металлических комплексах, что едва ли удивительно, так как в обоих случаях рассматриваются одни и те же орбитали атома металла. [36]
Это искажение обусловлено ромбической составляющей в поле лигандов донорных атомов в плоскости ху, приводящей к неэквивалентности направлений х и у. Искажение тетрагональной симметрии, называемое ромбичностью [161, 162], вызвано деформацией окружения железа. Эта деформация может возникнуть вследствие механических-шжажений тема, возмущений тс-электрон-ной системы тема или изменения гс-электронного характера связывания лигандов с гемовым железом по пятому и шестому координационным местам. [37]
В последние годы были достигнуты значительные успехи в распространении этих идей на соединения, содержащие металлические кластеры. Наибольший интерес представляют те из них, которые содержат большие кластеры и являются промежуточными между веществами, состоящими из обычных молекул, и чистыми металлами. Для кластеров различных типов были проведены вычисления энергий молекулярных орбиталей; считалось, что орбитали с наиболее низкой энергией используются для связывания лигандов или образования связей металл - металл. Число валентных электронов кластера, разумеется, равно удвоенному числу КВМО и для каждого конкретного соединения равно числу валентных электронов атома переходного металла ( и мостиковых атомов, если они присутствуют), к которому нужно прибавить по 2 электрона для каждой группы СО или аналогичного лиганда и заряд комплекса, если рассматривается анион. Для кластерных молекул или ионов число валентных электронов кластера - это величина, соответствующая числу 18 для одноядерных карбонилов. Так же как образование Ni ( CO) 4, Fe ( CO) 5 и Сг ( СО) 6 объясняется с помощью правила 18 электронов, удается объяснить и образование октаэдрического комплекса Co6 ( CO) i6 с 86 электронами. Проблема упаковки не столь остра для кластеров большого размера, вокруг которых можно разместить гораздо большее число лигандов; кроме того, здесь возможно более компактное расположение атомов металла, что приводит к увеличению их координационной оболочки и, следовательно, уменьшает число КВМО, которые должны быть заняты лигандами. [38]
В настоящее время в общедоступных базах данных имеются координаты атомов, полученные методами рентгеноструктурного анализа или ЯМР, для тысяч белков, многие из которых могут служить в качестве биомишеней при разработке новых лекарств. Однако для большинства белков известна лишь аминокислотная последовательность и иногда данные точечного мутагенеза, указывающие на амиинокислоты, важные для связывания определенных лигандов. В последнем случае часто оказывается возможным построение пространственной модели белка-биомишени, например, по гомологии с белками, для которых известна пространственная структура. Информация же о точечных мутациях, влияющих на связывание лигандов, помогает определить сайт связывания таких лигандов. Но и при невысокой гомологии часто возможно достаточно неплохое моделирование сайта связывания лигандов ( который обычно является более консервативным и для которого локальная гомология может оказаться достаточно высокой), а наибольшие ошибки возникают при моделировании петельных областей, как правило, достаточно удаленных от сайта связывания лигандов. [39]
Возможно также, что не обязательно все видоспецифиче-ские варианты данного фермента должны быть сходны по зависимости / См от температуры. Например, у рыбы Gillichthys, которая встречается в своей жизни с колебаниями температуры в диапазоне по меньшей мере от 4 до 30 С, способность пиру-ваткиназы связывать субстрат ( фосфоенолпируват) очень мало зависит от температуры. Мы уже высказывали предположение, что крайне эври-термные организмы обладают ферментами со стабильными свойствами в отношении связывания лигандов. Подобно ферменту Gillichthys, пируваткиназы моллюсков приливной зоны и одного кальмара, который ежедневно мигрирует через термоклин с разностью температур около 10 С, также имеют величины / См, нечувствительные к температуре. [40]
 |
Структура гранул гетерогенного гидрофильного макропористого геля. [41] |
Размеры микропор можно контролировать, меняя соотношение оксиалкилметакрилата и алкендиметилакрилата в процессе сополимеризации. Микропоры сильносшитых жестких микрочастиц ксерогеля очень малы, что не позволяет большим молекулам проникать в них. Микрочастицы в процессе образования агрегируют, в результате чего возникают гранулы макропористой структуры. Макропористость макросфер аэрогеля ( необходимую для проникновения в них биополимеров), внутреннюю удельную поверхность и число групп, которые можно дополнительно химически модифицировать ( для связывания афин-ных лигандов), удается менять в широких пределах, варьируя соотношение инертных растворителей в процессе суспензионной сополимеризации. [42]
В настоящее время в общедоступных базах данных имеются координаты атомов, полученные методами рентгеноструктурного анализа или ЯМР, для тысяч белков, многие из которых могут служить в качестве биомишеней при разработке новых лекарств. Однако для большинства белков известна лишь аминокислотная последовательность и иногда данные точечного мутагенеза, указывающие на амиинокислоты, важные для связывания определенных лигандов. В последнем случае часто оказывается возможным построение пространственной модели белка-биомишени, например, по гомологии с белками, для которых известна пространственная структура. Информация же о точечных мутациях, влияющих на связывание лигандов, помогает определить сайт связывания таких лигандов. Но и при невысокой гомологии часто возможно достаточно неплохое моделирование сайта связывания лигандов ( который обычно является более консервативным и для которого локальная гомология может оказаться достаточно высокой), а наибольшие ошибки возникают при моделировании петельных областей, как правило, достаточно удаленных от сайта связывания лигандов. [43]
В настоящее время в общедоступных базах данных имеются координаты атомов, полученные методами рентгеноструктурного анализа или ЯМР, для тысяч белков, многие из которых могут служить в качестве биомишеней при разработке новых лекарств. Однако для большинства белков известна лишь аминокислотная последовательность и иногда данные точечного мутагенеза, указывающие на амиинокислоты, важные для связывания определенных лигандов. В последнем случае часто оказывается возможным построение пространственной модели белка-биомишени, например, по гомологии с белками, для которых известна пространственная структура. Информация же о точечных мутациях, влияющих на связывание лигандов, помогает определить сайт связывания таких лигандов. Но и при невысокой гомологии часто возможно достаточно неплохое моделирование сайта связывания лигандов ( который обычно является более консервативным и для которого локальная гомология может оказаться достаточно высокой), а наибольшие ошибки возникают при моделировании петельных областей, как правило, достаточно удаленных от сайта связывания лигандов. [44]
Страницы: 1 2 3