Карта - электронная плотность
Cтраница 1
 |
Результаты моделирования движений боковых цепей. среднее перемещение атомов как функция расстояния от первой простой связи в боковой цепи ( выражено через число связей. [1] |
Карта электронной плотности характеризуется большим количеством ярко выраженных максимумов. Карта содержит 158 максимумов - на 18 больше числа молекул воды. [2]
Карта электронной плотности, рассчитанная суммированием рядов Фурье, при использовании отражений только с несмешанными индексами должна дать информацию о структуре кристалла, хотя и затемненную дополнительной ( ложной) симметрией. Такие карты были рассчитаны, но бесспорных сведений о положении атомов фтора в кристалле не получили. Затем в расчет были включены пять самых сильных отражений со смешанными индексами; знаки структурных амплитуд в этом случае были определены по методу Сейра [3]; полученную карту с атомами ксенона в положениях 2 ( а) и 2 ( d) оказалось возможным объяснить. Размещение атомов ксенона в положениях 4 ( е), а это требует, чтобы все молекулы были эквивалентны, не дает картины, которую можно интерпретировать. [3]
Карта электронной плотности с разрешением 2 А показывает, что центр тяжести сульфамида находится от иона цинка на расстояния 3 2 А. Это в пределах длины связи и согласуется с представлением о координации сульфамидного атома азота у иона цинка ( разд. [4]
 |
Сечение молекулы полиэтилена, показывающее линии одинаковой электронной плотности.| Структура кристаллов полиэтилена. [5] |
Карта электронной плотности молекулы полиэтилена ( рис. 48) позволяет обнаружить одну интересную подробность. Несомненно, это отчасти обусловлено анизотропными термическими колебаниями в кристалле. Магнитные свойства кристаллов других цепных соединений указывают на искажение СН2 - групп в направлении, перпендикулярном оси цепи. Таким образом, мы видим, что совместное применение рентгенографических методов и гармонического анализа может дать сведения о поляризации в молекулярных системах, которые невозможно получить более простыми рентгенографическими методами. [6]
Разрешение на карте электронной плотности определяется числом членов, используемых в фурье-пред-ставлении. Чем это число выше, тем большее число деталей структуры молекулы будет выявлено. При переходе к более тонкому разрешению очень сильно возрастает число членов разложения и, следовательно, число рефлексов, которые необходимо измерить. [7]
Затем по карте электронной плотности создается проволочная модель из аминокислотных остатков белка. Следовательно, методы уточнения допускают сравнительно небольшие вариации углов и длин связей относительно средних величин, найденных для простых соединений в ином кристаллическом окружении. По-видимому, для большинства аминокислотных остатков каждого вида белка существуют определенные геометрические правила расположения атомов. Однако необходимо всегда иметь в виду возможность искажений структуры, приводящих к напряженным связям. [8]
Мэдельные карты соответствуют картам электронной плотности. [9]
 |
Энергии молекулярных орбпталей для гетероядерных двухатомных молекул. [10] |
Это показано на карте электронной плотности на рис. 15.14, откуда совершенно очевидно, что в молекуле LiH зарят. Связывание в этой молекуле называют полярным. [11]
Мэдельные карты соответствуют картам электронной плотности. [12]
Проведенный в дальнейшем анализ карты электронной плотности тройного комплекса при высоком разрешении [297] показал, что ион Са ( П) может взаимодействовать с 5 -фосфатной группой кольца рибозы в ходе гидролиза эфиров либо через молекулу координированной воды, либо через связанный ион гидроксила. Атом кислорода карбонильной группы треонина-41 находится внутри координационной сферы центрального иона Са ( П), вероятно, напротив координационного места, занятого молекулой воды. [13]
При эффективном разрешении 3 А карта электронной плотности позволяет с достаточной точностью найти положения Са-ато-мов. Обычно координаты Са передаются в банк данных о белках [390], откуда их можно получить, послав соответствующий запрос. Зти координаты используются также для записи свертывания цепи с помощью точных стереоизображений ( разд. Документа-дня некоторых способов свертывания цепей выполняется только с помощью структурных эскизов. [14]
При анализе структуры малых молекул первичную карту электронной плотности получают при помощи прямых методов определения структуры или, например, методом Паттерсона, устанавливая положение нескольких наиболее тяжелых атомов в молекуле. Такая первичная карта Фурье обычно недостаточно ясна и может указывать максимумы электронной плотности только для некоторых атомов в молекуле. Положение этих атомов определяется при интерпретации первичной карты и используется для расчета набора фаз. Этот набор затем применяется для расчета карты электронной плотности с помощью наблюдаемых структурных амплитуд, в результате чего уточняются положения других атомов. Вклад этих атомов может быть затем использован для расчета улучшенного набора фаз, что приводит к более совершенной карте электронной плотности. Подобная процедура последовательно повторяется до тех пор, пока не будут определены все атомные параметры. Для уточнения фаз и расчета карт электронной плотности могут быть использованы альтернативные циклы. Поскольку в случае малых молекул число экспериментально наблюдаемых параметров ( структурных амплитуд) велико по сравнению с числом переменных параметров, структура малых молекул определяется с высокой точностью. [15]
Страницы: 1 2 3 4