Карта - электронная плотность
Cтраница 2
Структурные домены четко ограничены на картах электронной плотности. Анализ карт электронной плотности, рассчитываемых в ходе рентгеноструктурного анализа, показал, что многие белки состоят из нескольких глобулярных областей, довольно слабо связанных между собой. Эти области, четко ограниченные на картах распределения электронной плотности, получили несколько неопределенное название структурные домены. Очевидно, что определение домена весьма нестрого и здесь может возникать много спорных ситуаций. Среди глобулярных белков четко определенные домены были обнаружены в иммуноглобулинах. Схематически они изображены на рис. 4.2, в; в этом случае домены располагаются вдоль полипептидной цепи, как жемчужины в ожерелье. [16]
А, распознавание полипептидной цепи на карте электронной плотности часто неоднозначно и может привести к не - Берным выводам. Этим объясняются различия ( часто неявные) в геометрической структуре белка, приведенной в разных публикациях. При повышении разрешения, и в особенности после уточнения структуры, цепь можно проследить однозначно. Карта электронной плотности в этом случае до некоторой степени передает индивидуальность остатков, что значительно облегчает анализ последовательности. Даже при эффективном разрешении 3 А геометрическую структуру можно использовать для идентификации пептидных фрагментов [ 289J, что уже весьма полезно для анализа последовательности. [17]
Первоначально данные рентгеноструктурного анализа получают в виде карты электронной плотности, представляющей собой стопку прозрачных пластин с контурами плотности, которые затем интерпретируются. Очевидно, что и исследуемую молекулярную структуру можно представить таким же образом. [18]
Подсчет примерно в миллионе точек позволяет построить карту электронной плотности в любом сечении элементарной ячейки. В качестве примера на рис. 49 приведено такое сечение для кристаллов нафталина и антрацена. [19]
В современных квантовохимических расчетах обычно апеллируют к картам электронной плотности при анализе распределения электронного заряда в молекуле. Если тем не менее вычислить, имея такие карты, заряды на атомах, то целесообразно каким-либо образом определить область пространства, относимую к данному атому, и проинтегрировать полную электронную плотность по объему этой области. Чаще всего эта область берется в виде сферы, радиус которой определяется, например, по минимуму электронной плотности на линии связи или лз каких-либо других соображений. [20]
В качестве иллюстрации на рис. 91 изображен участок карты электронной плотности белка - цитохрома С551 ( из микроорганизма Preudomonas aeraqinosa), содержащего пиррольные кольца гема. Отчетливо просматриваются максимум электронной плотности ( сгущение линий), соответствующий атому Fe, и максимумы, соответствующие пиррольным кольцам. [22]
Количество новых атомов, которое можно установить по картам электронной плотности р ( или (, зависит от того, насколько хорошо определена фаза ср, и от числа членов при вычислении ряда Фурье. [23]
 |
Схемы электронной плотности с разрешением 2А в области атома 7п ( П - карбоангидразы С человека. [24] |
Положение единственной свободной SH-грушпы определено по разнице в картах электронной плотности нативного фермента и фермента, модифицированного ацетоксимеркурсульфаниламидом. [25]
Как правило, модели Кэндрью - Уотсона строят непосредственно по карте электронной плотности. [26]
 |
Радиусы главных максимумов плотности радиального распределения заряда электронов внешних орбиталей атомов. [27] |
Сумма атомных, ионных радиусов и радиусов, определенных по карте электронной плотности, соответствует экспериментально найденному межъядерному расстоянию только для КС1 и весьма приближенно для CuCl. В последнем случае более хорошим приближением является сумма атомных радиусов. [28]
В каждом из этих случаев значение радиуса, определенное по карте электронной плотности, лежит между значениями атомного и ионного радиусов. [29]
 |
Рентгенограмма миоглобина кашалота. [30] |
Страницы: 1 2 3 4