Определение - нуклеотидная последовательность
Cтраница 1
Определение нуклеотидных последовательностей в составе гомологичных генов ( например, генов глобинов), кодирующих полипептиды со сходным строением и функцией у одного или разных организмов, показало, что наибольшим изменениям в эволюции подвергались интроны, а не экзоны. В интронах обнаружены вставки, делеции и другие перестройки, в то время как последовательности экзонов оказываются значительно более консервативными. Изменения в нуклеотидных последовательностях экзонов часто обусловлены лишь отдельными нуклеотидными заменами. [1]
Определение нуклеотидных последовательностей в составе гомологичных генов ( например, генов глобинов), кодирующих полипептиды со сходным строением и функцией у одного или разных организмов, показало, что наибольшим изменениям в эволюции подвергались интроны, а неэкзоны. В нитронах обнаружены вставки, делеции и другие перестройки, в то время как последовательности экзонов оказываются значительно более консервативными. Изменения в нуклеотидных последовательностях экзонов часто обусловлены лишь отдельными нуклеотидными заменами. [2]
Определение нуклеотидных последовательностей в составе гомологичных генов ( например, генов глобинов), кодирующих полипептиды со сходным строением и функцией у одного или разных организмов, показало, что наибольшим изменениям в эволюции подвергались интроны, а не экзоны. В нитронах обнаружены вставки, делеции и другие перестройки, в то время как последовательности экзонов оказываются значительно более консервативными. Изменения в нуклеотидных последовательностях экзонов часто обусловлены лишь отдельными нуклеотидными заменами. [3]
Определение нуклеотидной последовательности ДНК методом ферментативного копирования с остановкой удлинения цепи, осуществляемого ДНК-полимеразой, - быстрый, относительно простой, недорогой и надежный метод. Помимо того что нуклеотидная последовательность фрагмента ДНК является его исчерпывающей характеристикой на молекулярном уровне, она позволяет также идентифицировать его кодирующую область, подобрать потенциальные праймеры для ПЦР, выявить мутационные изменения в гене. [4]
Определение нуклеотидной последовательности ДНК может стать мощным методом определения аминокислотной последовательности белков. Генетический код является вырожденным в том смысле, что большая часть аминокислот описывается более чем одним кодоном. [5]
Для определения нуклеотидной последовательности клонированных ДНК используются разные подходы. [7]
Для определения нуклеотидной последовательности протяженных клонированных сегментов сначала подбирают синтетический олигонук-леотидный праймер, комплементарный участку, соседствующему со вставкой, и с помощью диде-зокси-метода секвенируют первые 250 - 300 нуклеотидов. [8]
Для определения нуклеотидной последовательности в олигонуклеоти-дах их гидролизовали нуклеазами, как это будет описано далее, и затем идентифицировали продукты гидролиза. Для анализа пуклеотидов, полученных при гидролизе РНК рибонуклеазой TI, наиболее пригодна панкреатическая РНК-аза, и, наоборот, если РНК гидролизовали панкреатической РНК-азой, для анализа полученных нуклеотидов использовали рибонуклеазу TI. В обоих случаях конечные продукты гидролиза одинаковы: они содержат мононуклеотиды Г, Ц и У и олигонуклеотиды с разным числом остатков А, имеющие на З - конце Г, Ц, или У. Большинство этих продуктов можно разделить с помощью электрофореза при рН 3 5 ( фиг. [9]
Результаты определения нуклеотидной последовательности 16S рРНК позволяют рассматривать Archaeoglobus как форму, занимающую промежуточное положение между метаногенами и экстремальными термофилами, метаболизм которых связан с восстановлением или окислением молекулярной серы. [10]
Применяемые для определения нуклеотидной последовательности РНК методы сводятся к контролируемому расщеплению нуклеиновых кислот различными ферментами и последующему разделению продуктов гидролиза. [11]
 |
Схема определения концевых групп. [12] |
Методические приемы определения нуклеотидной последовательности сводятся главным образом к контролируемому расщеплению РНК различными по специфичности ферментами и хроматографическому разделению продуктов гидролиза. Анализируя продукты гидролиза на различных его стадиях и применяя подходящие наборы, гидролизую-щих ферментов, определяют состав каждого из таких фрагментов, восстанавливают порядок соединения фрагментов друг с другом и в конце концов устанавливают последовательность нуклеотидов во всей цепи РНК-РНК, первичная структура - строение молекул РНК, при котором нуклеотиды последовательно соединены друг с другом. Для понимания первичной структуры РНК наиболее важна природа межнуклеотидных связей. Известно, что щелочной гидролиз РНК сопровождается, нейтрализацией щелочи. Отсюда следует, что все или часть фосфорнокислых групп принимает участие в образовании межнуклеотидных связей. Под влиянием азотистой кислоты азотистые основания в цельной РНК дезаминиру-ются, но РНК при этом не расщепляется, что свидетельствует о том, что аминогруппы оснований к образованию межнуклеотидных связей отношения не имеют. Как показывает спектрометрическое титрование, в образовании межнуклеотидных связей не принимают участия кетогруппы гуанина и урацила. При ферментативном гидролизе РНК фосфодиэстеразой змеиного яда образуется смесь 5 -монофосфатоввсех четырех нуклео-зидов. Это значит, что в образование межнуклеотидных связей вовлечены С-5 - атомы. При щелочном же гидролизе образуется смесь нуклеозид-2 - и нуклеозид - З - монофос-фатов. Отсюда можно заключить, что межнуклеотидные связи возникают при наличии фосфоэфирных групп, соединяющих С-5 - одного нуклеотида с атомами С-2 С-3 соседнего с ним нуклеотида. Поскольку при гидролизе РНК фосфодиэстеразой селезенки образуется моль нуклеозид-3 - фосфата, то присутствие в нативной РНК фосфоэфирных связей ( С-2) - ( C-5 j исключается. На этой схеме буквами р и х обозначены места разрывов фосфодиэфирных связей соответственно фосфодиэстеразой змеиного яда и фосфодиэстеразой селезенки. [13]
 |
Направленное расщепление полинуклеотидиой цепи РНК ферментом РНКазой Н. [14] |
Существует два принципиально различных подхода к определению нуклеотидной последовательности ДНК. [15]
Страницы: 1 2 3