Конформационная карта
Cтраница 1
Конформационная карта рис. 13 показывает, что энергии форм R - л В примерно равны, а учет электростатических взаимодействий мог бы привести к понижению энергии формы В. Важно отметить, что не только электростатические взаимодействия, но и свобода движений боковых радикалов влияет на относительную стабильность различных конформаций. Действительно, свободная энергия дипептида или участка полипептидной цепи, содержащего боковой радикал, определяется как энтальпией Я, на которой мы до сих пор сосредоточивали наше внимание, так и энтропийным фактором TS ( F H - - TS), причем, с точностью до постоянной конфигурационная энтропия S RlnZ, где Z - статистическая сумма, R - газовая постоянная. Большая свобода движений привеска соответствует большей энтропии, а, следовательно, выигрышу свободной энергии. [1]
Рассмотрим конформационную карту аланинового дипеп-тида. [3]
 |
Конформационная карта метиламида М - ацетил -. - аланина. [4] |
Рассмотрим конформационную карту метиламида М - ацетил - / - ала-нина. На рис. 8.4 показаны нормальные и экстремальные границы Рамачандрана и контуры потенциальной энергии, проведенные через 1 ккал / моль. Экстремальные границы близки к контуру 3 ккал / моль. [5]
На конформационной карте рис. 7 186, построенной индийскими авторами [103] для жестких ксилановых колец и угла СОС, равного 116 ( в мостике), с использованием потенциалов Китайгородского, конформации макромолекул, совместимые с рентгенострук-турными данными, отмечены жирными кружками. Как видим, все четыре кружка отвечают небольшой энергии по сравнению с энергией минимумов ( последние отмечены кружками с крестиком), и, следовательно, реализация того или иного типа спирали должна в значительной степени определяться межмолекулярными взаимодействиями в многотяжевом комплексе. В результате было найдено, что левая двухтяжевая спираль выгоднее правой на 0 5 ккал / моль на остаток, а правая и левая тройные спирали изоэнергетичны, правда правая спираль удобнее для структурирования молекул воды. В то же время тройная спираль на 1 6 ккал / моль на остаток должна быть выгоднее левой двойной спирали. [6]
Таким образом, конформационная карта метиламида М - ацетил-аланина превосходно объясняет распределение точек ( ср, i)) в глобулярных белках. Однако конформационный анализ таких малых фрагментов, как дипептиды, полезен для объяснения конформации пептидных звеньев в белках, но явно недостаточен для их предсказания. Теперь мы обратим внимание на те соображения и конформационные расчеты, которые могут быть положены в основу предсказаний. [7]
 |
Конформационная карта полиизобутилена, полученная минимизацией энергии по валентным углам главной цепи. [8] |
Конечно, расчет конформационной карты с оптимизацией по валентным углам менее эффективен и обходится значительно дороже, чем глобальный поиск методом оврагов. [9]
На рис. 5 приведена конформационная карта глицинового-дипептида [19], построенная на основании данных табл. 2 с использованием параметров Полинга - Кори. Точки, соответствующие глициновым остаткам в полипептидах и белках, как мы видим, хорошо ложатся в эти области. Однако несколько точек в области фа90, г) 180 выпадают из допустимых границ, что свидетельствует о возможной деформации валентных углов. Действительно, если предположить, что валентные углы могут до некоторой степени деформироваться, то эта область станет разрешенной. [10]
На рис. 7.9 приведена конформационная карта Ub ( учтено 5 мономерных единиц) поливинилиденфторида, построенная В. Г. Дашевским и И. О. Муртазиной [ 30, с. На ней имеются три неэквивалентных по симметрии минимума. [11]
 |
Разрешенные области конформационной карты для метиламидов различных М - ацетиламинокислот. [12] |
На рис. 8.7 приведена конформационная карта метиламида М - ацетил - / - валина, рассчитанная с потенциалами Дашевского без учета электростатической составляющей. В примерно равны, а учет электростатических взаимодействий мог бы привести к понижению энергии формы В. [13]
На рис. 8.2 приведена конформационная карта метиламида N-ацетилглицина, построенная с использованием допустимых межатомных контактов Рамачандрана ( см. стр. [14]
Страницы: 1 2 3 4