Конформационная карта

Cтраница 2

На рис. 8.3 приведена конформационная карта метиламида N-ацетилглицина [47], рассчитанная с использованием атом-атом потенциалов. При построении этой карты вместо параметров Полин-га - Кори были использованы валентные углы, найденные минимизацией потенциальных функций по независимым гео метрическим параметрам. [16]

Конформационная карта фрагмента аланилаланина ( с учетом всех межатомных взаимодействий. [17]

На рис. 8.14 приведена конформационная карта дипептидного фрагмента при R К - СН3, построенная с потенциалами Дашевского без учета электростатических взаимодействий и водородных связей. [18]

Конформационная карта молекулы СН3 - - СОМНСН ( СНз - CON ( CH3 - СН3. [19]

Наконец, для молекулы Ш конформационная карта получается с достаточно хорошим приближением наложением двух предыдущих карт и, конечно, больше напоминает вторую из них. Оптимальной конформацией является у, что соответствует левой тройной спирали. [20]

В то же время на конформационной карте ( ф, ty) целлобиозы имеются еще два минимума полной энергии, которые на несколько десятых долей ккал / моль ниже указанного минимума. Следовательно, метод PCILO в данном случае не дает достаточно надежного предсказания структуры. Впрочем, обсуждение возможностей и недостатков метода PCILO пока имеет смысл отложить на будущее в надежде на более детальные исследования. [21]

С чем сравнивать рассчитанные по конформационным картам значения ( № / п12) х, характеризующие гибкость полимеров. Однако, если подобрать определенный растворитель и соответствующую температуру ( Э - точка Флори [103]), то два эффекта - влияние растворителя и эффект исключенного объема - взаимно уничтожатся, и тогда рассчитанное характеристическое отношение можно будет сравнивать с экспериментальным. [22]

Конформационные карты метиламида М - ацетил - /. - аланина с нанесенными на них точками, соответствующими углам ф и о в нес пиральных. [23]

Таким образом, распределение точек на конформационных картах превосходно объясняется. [24]

На рис. 28 в качестве примера приведена конформационная карта трипептида Ала-Ала. [25]

Конформационная карта ( ф4, р5 P-D - рибозы при оптимизированных валентных углах. [26]

Заметим, что формы рибозы, расположенные по дну оврага конформационной карты ( ф4, р5), существенно неплоские: как показывает расчет, один из атомов углерода ( Са - или Q -) выходит из средней плоскости других четырех атомов на 0 4 - 0 6 А. [27]

Таким образом, если пептидная связь обладает заметной гибкостью, то конформационная карта, построенная при фиксированных параметрах этой связи ( рис. 2.5), может оказаться неточной в тех областях, которые отвечают слабым стерическим затруднениям, как, например, в областях, разрешенных только для Gly, поскольку их можно устранить небольшими отклонениями валентных и торсионных углов, а также длин связей. Этим объясняются те 5 % случаев на рис. 2.4, в которых значения ф, гр попадают в области, запрещенные, согласно модели жестких сфер, из-за сте-рического взаимодействия с Ср-атомом. [28]

Важные предсказания были сделаны также для полиаланина и полипролина, хотя на конформационной карте первого присутствовали два лишних минимума. Несмотря на эти погрешности, которые в дальнейшем удалось устранить другим авторам с подходящими потенциальными функциями, расчеты Ликвори показали, что спиральные конформации полипептидов стабилизируются, в первую очередь, невалентными взаимодействиями, а водородные связи, являющиеся как бы приложением к ним, дополнительно стабилизируют структуру, почти не меняя положение минимума. [29]

Рис и Скерретт [95], проведя более детальный анализ, уточнили границы разрешенных и запрещенных областей и нашли, что 96 % конформационной карты ( ф, г)) целлобиозы соответствует очень коротким контактам. [30]

Страницы: 1 2 3 4