Свернутая конформация

Cтраница 3

Из этой главы мы узнаем, как свертываются в пространстве полипептидные цепи некоторых глобулярных белков и каким образом аминокислотная последовательность определяет их трехмерную структуру. Мы увидим также, что нативная свернутая конформация глобулярных белков служит необходимой предпосылкой их биологической активности. Далее мы рассмотрим химические и биологические свойства содержащегося в эритроцитах белка гемоглобина, который играет роль переносчика кислорода, и в связи с этим коснемся некоторых медицинских вопросов. На примере гемоглобина мы проиллюстрируем, каким образом трехмерная структура глобулярных белков приспособлена к выполнению их важных биологических функций. [31]

КМЦ ассоциирована, а в щелочных - молекулярно дисперсна и объясняет это тем, что в растворах с большой ионной силой диссоциация подавлена, карбоксильные группы экранированы и КМЦ ведет себя как полимер, не несущий заряда. Из-за отсутствия взаимодействия между цепями она приобретает свернутую конформацию. В этом же направлении действует и увеличение концентрации. При разбавлении или понижении рН диссоциация растет, усиливаются взаимодействия между отдельными макромолекулами и их цепями. При этом они распрямляются и приобретают жесткость. [32]

Три структуры, обведенные жирными линиями, представляют собой три полипептидные цепи одного из каталитических кластеров. Второй каталитический кластер, также содержащий три цепи, находится позади первого. Регуляторные кластеры выделены красным цветом. [33]

Этот аллостерический регулятфный фермент ( рис. 1) имеет два каталитических кластера, в каждом из которых находится по три свернутые в третичную структуру полипептидные цепи и три регуляторных кластера ( показаны красным цветом), содержащие по две полипептидные цепи. Один каталитический кластер с тремя полипептидными цепями в свернутой конформации обведен более жирной линией. За ним виден другой каталитический кластер. Вопросы, связанные с ролью этого фермента в синтезе нуклеотидов и с его регуляцией, будут рассмотрены в гл. [34]

Кривые ползучести полимеров. [35]

Кинетика развития ползучести имеет релаксационную природу и связана с проявлением вязкоупругих свойств аморфного полимера. Деформирующая сила выпрямляет макромолекулы, которые первоначально имели свернутую конформацию. [36]

Оказывается, роль поперечных связей могут играть физические связки между молекулами, обусловленные их спутанностью. Определенная спутанность ( существование узлов) является неизбежным следствием беспорядочно свернутых конформаций очень длинных цепей. Силы, действующие между этими цепями, хотя и слабее, чем у твердых тел, но их не следует ни в коем случае считать пренебрежимо малыми. Совокупность таких локальных узлов увеличивает эффективность их действия, подобно тому как узел или перепутанность в волокне шерсти увеличивают трение между соседними нитями ткани. Поэтому такая перепутанность создает области, в которых сопротивление молекул к смещениям значительно выше средней величины. Эти физические узлы, хотя и более размазаны по системе, чем химические сшивки в вулканизованном каучуке, но они работают подобным же образом, особенно если время воздействия нагрузки относительно мало. Однако с возрастанием продолжительности действия нагрузки спутанность молекул постепенно исчезает. В результате этого возникает течение материала, или крип. [37]

Чтобы оценить влияние диффузии на процесс седиментации, не учитываемое формулой ( 91), функцию g ( S) экстраполируют к бесконечному времени наблюдения. Для уменьшения межмолекулярного взаимодействия используют в-растворители, в которых макромолекулы принимают свернутую конформацию, и затем экстраполируют g ( S) к бесконечному разбавлению. Из полученной таким образом функции распределения коэффициентов седиментации ( в данном случае уже константы седиментации), свободных от влияния межмолекулярного взаимодействия, по соотношению между константами седиментации и молекулярным весом рассчитывают молекулярно-весовое распределение. [38]

Чтобы оценить влияние диффузии на процесс седиментации, не учитываемое формулой ( 91), функцию g ( S) экстраполируют к бесконечному времени наблюдения. Для уменьшения межмолекулярного взаимодействия используют 0-растворители, в которых макромолекулы принимают свернутую конформацию, и затем экстраполируют g ( S) к бесконечному разбавлению. Из полученной таким образом функции распределения коэффициентов седиментации ( в данном случае уже константы седиментации), свобод ных от влияния межмолекулярного взаимодействия, по соотношению между константами седиментации и молекулярным весом рассчитывают молекулярно-весовое распределение. [39]

Чтобы оценить влияние диффузии на процесс седиментации, не учитываемое формулой ( 91), функцию g ( S) экстраполируют к бесконечному времени наблюдения. Для уменьшения межмолекулярного взаимодействия используют в-растворители, в которых макромолекулы принимают свернутую конформацию, и затем экстраполируют g ( S) к бесконечному разбавлению. Из полученной таким образом функции распределения коэффициентов седиментации ( в данном случае уже константы седиментации), свободных от влияния межмолекулярного взаимодействия, по соотноше нию между константами седиментации и молекулярным весом рассчитывают молекулярно-весовое распределение. [40]

Природная полипептидная цепь включает специфическую последовательность полярных и неполярных групп. Поверхность контакта полипептидной цепи и воды велика для беспорядочно вытянутой цепи и мала в ее нативной, свернутой конформации. Однако в отличие от совершенно неполярных молекул масла полипептидная цепь включает как полярные, так и неполярные группы. Углеводородные боковые цепи Ala, Val, Leu, He и Phe неполярны. [41]

При небольших концентрациях низкомолекулярного электролита наблюдается уменьшение вязкости раствора КМЦ, что связано с экранированием макрополианионов и уменьшением их эффективного электрического заряда. Это приводит к уменьшению электростатического отталкивания между отдельными сегментами макромолекулы, которая в этом случае принимает более свернутую конформацию, вследствие чего уменьшаются гидродинамические размеры макромолекулы и вязкость растворов КМЦ. [42]

Следовательно, в указанном приближении мы получаем, что с и н д и ота к ти ч е ска я цепь состоит из отрезков и лоской т р а н с - цейк, содержащих в среднем л о 2 6 моно мерные единицы и разделенных мономерными единицами в свернутых конформа-циях. Таким образом, хотя энергии плоской и свернутой конформаций одинаковы, существование корреляции между конформациями, сводящейся к запрету последовательности двух свернутых конформаций, приводит к неравенству априорных вероятностей осуществления плоской и свернутой конформаций. [43]

Схема механизма ползучести и релаксации напряжения. [44]

Полиолефины с высокой молекулярной массой и высокой кристалличностью наиболее устойчивы к релаксации напряжения. Рисунок 1.13 схематически показывает процессы, участвующие в релаксации напряжения: сначала аморфные молекулы вытягиваются, а затем при релаксации они проскальзывают назад и вновь превращаются в статистически свернутые конформации. [45]

Страницы: 1 2 3 4