Концевая последовательность
Cтраница 4
В результате такой обработки транспортная РНК как акцептор аминокислоты инактиви-руется. Однако активность транспортной РНК удается восстановить, если 2 остатка цитидиловой и 1 остаток адениловой кислоты вновь присоединить при помощи инкубации с ферментом, ЦТФ и АТФ. Все эти факты заставляют предположить, что концевой последовательностью нуклеотидов в молекулах всех транспортных РНК служит последовательность - фЦфЦфА, причем аминокислота присоединяется к концевому А. [46]
Большинство компонентов системы свертывания крови [ 11 [ и системы комплемента [12] синтезируется в виде неактивных предшественников по вполне ясным с биологической точки зрения причинам. Для иллюстрации достаточно привести два примера. Выше была указана важность остатков 7-карбоксиглутаминовой кислоты в Л - концевой последовательности протромбина ( см. разд. [47]
Нетрудно видеть, что З - концевой сегмент родительского генома ( длина его 125 нуклеотидов) при этом в качестве матрицы не использовался и, следовательно, полного воспроизведения генома еще не произошло. Концевые 125 нуклеотидов родительского генома становятся при этом как бы частью комплементарной цепи. Возникший таким образом З - конец комплементарной цепи используется в качестве матрицы для регенерации недостающей концевой последовательности родительской цепи. В результате этих реакций возникает двухнитевая - репликативная - форма вирусной ДНК. [48]
Нетрудно видеть, что З - концевой сегмент родительского генома ( длина его 125 нуклеотидов) при этом в качестве матрицы не использовался и, следовательно, полного воспроизведения генома еще не произошло. Концевые 125 нуклеотидов родительского генома становятся при этом как бы частью комплементарной цепи. Возникший таким образом З - конец комплементарной цепи используется в качестве матрицы для регенерации недостающей концевой последовательности родительской цепи. [49]
Нетрудно видеть, что З - концевой сегмент родительского генома ( длина его 125 нуклеотидов) при этом в качестве матрицы не использовался и, следовательно, полного воспроизведения генома еще не произошло. Концевые 125 нуклеотидов родительского генома становятся при этом как бы частью комплементарной цепи. Возникший таким образом З - конец комплементарной цепи используется в качестве матрицы для регенерации недостающей концевой последовательности родительской цепи. В результате этих реакций возникает двухнитевая - репликативная - форма вирусной ДНК. [50]
Можно отметить, что олигонуклеотид 11, как и укороченные последовательности, заканчивается пиримидином. Принимая, что / 3-гемоглобиновая мРНК оканчивается кодоном, соответствующим последней аминокислоте, можно ожидать, что эта концевая последовательность будет обнаружена во фракциях по длине цепи, содержащих 6, 12 или 14-меры, при условии если концевой Y фосфорилирован. Если же этот Y нефосфорилирован ( или если фосфат удален перед действием Т1 - РНК-азы), то концевую последовательность можно обнаружить во фракциях, содержащих 5, 11 или 13 отрицательных зарядов. [51]
Их первичная структура известна. Структуры обеих тРНК имеют много общего. В них одинакова концевая последовательность АЦЦА, содержащая З - ОН-группу, которая связывает аминокислоту. [53]
У всех 20 или более типов РРНК, участвующих в мобилизации аминокислот, три конечных звена цепи одинаковые и образуют последовательность цитозин-цитозин-аденин ( Ц - Ц - А), а второй конец содержит гуанин. В той сложной смеси растворимых белков, которой пользовалось большинство исследователей, начиная с Замечника и Хогланда, и которая условно названа рН - 5-ферментом, содержатся наряду с активирующими аминокислоты ферментами также другие ферменты, отщепляющие концевые нуклеотидные звенья. После отщепления концевых звеньев соответствующие мононуклеотиды появляются в среде, а РРНК теряет способность быть акцептором аминокислоты. АТФ и цитидинтрифосфат, то концевая последовательность Ц - Ц - А восстанавливается в РРНК под действием присутствующего в смеси растворимых белков фермента. В последнее время этот фермент был очищен и показано, что он катализирует присоединение всех трех концевых звеньев - двух цитидиловых и одной адениловой кислоты. Очевидно, реакция присоединения нуклеотидов к концу цепочки РРНК идет с одновременным отщеплением пирофосфата. [54]
Более половины пуриновых и пиримидиновых оснований тРНК с помощью водородных связей образуют внутрицепо-чечные пары по принципу комплементарности ( А-1 ] С-С, О-О; О и О-соотв. Эти короткие спирали чередуются с участками неспаренных оснований, в результате чего нуклеотидная цепь образует 3 петли. Таким образом формируется вторичная структура, получившая назв. В ней выделяют: акцепторную ветвь ( стебель, черешок) с универсальной З - концевой последовательностью, служащей акцептором ( местом прикрепления) остатка аминокислоты; дигидроуридиловую ветвь ( шпильку), варьирующую по числу входящих в ее состав нуклеотидов и содержащую до 3 остатков дигидро-уридина ( ВНЦ); антикодоновую ветвь ( шпильку) с петлей в 7 нуклеотидных остатков, в центре к-рой находится анти-кодон ( тринуклеотид, комплементарный ко дону мРНК и обусловливающий специфичность тРНК к этому кодону); тимидилпсевдоуридиловую ветвь, или Ту-шпильку, содержащую минорные нуклеозиды риботимидин и псевдоури-дин. [55]
Для определения локализации дисульфидных связей белок подвергают частичному гидролизу на относительно малые фрагменты с помощью протеиназы низкой специфичности, такой как пепсин, в условиях, при которых протекает минимум обменных реакций. Пептиды разделяют и определяют их аминокислотный состав для того, чтобы убедиться в том, что они гомогенны и содержат одну дисульфидную связь. Дисульфидная связь в каждом пептиде разрывается ( см. разд. Если первичная структура белка известна, то достаточно аминокислотного анализа и частичного определения Л / - концевой последовательности в двух фрагментах для того, чтобы определить ту часть цепи ( ей), из которой образовался каждый фрагмент. [56]
Возможно, что рибонуклеозид-5 - трифосфаты являются истинными промежуточными предшественниками РНК. Такие общие ЦЦА-концевые группировки найдены в низкомолекулярных растворимых РНК, которые служат переносчиками аминокислот при биосинтезе белков. Кратковременная обработка диэстеразой змеиного яда освобождает эти концевые группы и нарушает биологическую активность. Последняя может быть восстановлена при инкубации продукта с очищенной ферментной системой и рибонуклеозид-5 - трифосфатами. Фракционированием транспортного РНК-белкового комплекса была получена частично очищенная ферментная система, которая катализирует пирофосфоролиз только трех концевых нуклеотидов в присутствии неорганического пирофосфата. Аналогичным исследованием, в котором меченый полимер гидролизовали панкреатической рибонуклеазой ( вновь с переносом Р32), было показано, что около 65 % препарата содержит пиримидин - АЦЦА-концевые группы, а 17 % содержат на акцепторном конце последовательность пиримидин - ГЦЦА. При изучении гидролизата были найдены и другие концевые последовательности, например фЗТАЦЦА ( 3 1 %), фЗ АГЦЦА ( 3 6 %), фЗ ААЦЦА ( 1 1 %), фЗ УАЦЦА ( 7 2 %) и фЗ АУЦЦА ( 1 4 %), причем всем им должны предшествовать пиримидиновые нуклеотиды. [57]
Если олиго - или полинуклеотид фосфорилирован по З - концу, первой стадией является ферментативное дефосфорилирование. Затем следует периодатное окисление, превращающее З - концевой нуклеозидный остаток в 2 / 3 -диальдегид XVI, в котором 5 -фосфо-диэфирная связь находится в ( 3-положении к 3 -альдегидной группе ( подробнее о периодатном окислении см. стр. Завершающей стадией является расщепление 5 -фосфоэфирной связи в диальде-гидном производном XVI под действием различных первичных аминов. В результате образуется олиго - или полинуклеотид, укороченный с З - конца на одно нуклеотидное звено. Весь цикл превращений может быть повторен. От продукта превращения бывшего З - концевого нуклеотидного звена XVII при действии кислоты ( рН13) или щелочи ( рН 11) отщепляют основание, определяемое далее обычными аналитическими методами. Разрешающая способность метода ( возможность определять достаточно длинную З - концевую последовательность олигонуклеотида или РНК) зависит от полноты прохождения каждой стадии реакции. Важнейшей из этих стадий является расщепление фосфодиэфирной связи в диальдегиде XVI под действием аминов. [58]
Страницы: 1 2 3 4