Псевдоуридин

Cтраница 3

Один из этих двух компонентов, сильно флуоресцирующий в Уф-свете, оказался гексануклеотидом, содержащим минорные нук - леозиды 2 - О-метилгуанозин и псевдоуридин соответственно на 5 - и 3-концах, а также неидентифицированное флуоресцирующее основание Y внутри цепи. Этот олигонуклеотид оказалось трудно ( но не невозможно) анализировать из-за отсутствия фосфодиэфирных связей, гидролизуемых Т - РНК-азой, и его относительной устойчивости к действию экзонуклеаз. [31]

Действительно, по стерическим причинам это единственная приемлемая конформация, если вращательное состояние по связи С-4 - С-5 отвечает преимущественно гош-конформации, как это установлено для псевдоуридина ( см. разд. [32]

Различие в реакционной способности остатков псевдоуридина в тРНК по отношению к действию акрилонитрила было показано и при модификации индивидуальной аланиновой тРНК из дрожжей298, содержащей 1 остаток инозина и 2 остатка псевдоуридина. [33]

Данные по периодатному окислению псевдоуридин - З - фосфата и уридин-2 ( 3) - фосфата приведены в табл. 11.1. При рН 7 5 урацил-5 - карбоновая кислота является единственным продуктом окисления псевдоуридин - З - фосфата, поглощающим в ультрафиолетовой области; одновременно становится заметным и другой процесс - разрушение соединения с потерей характерного поглощения в УФ-области спектра. [34]

Как показал анализ, проведенный, в частности, Левиттом 150 ], все известные тРНК могут быть представлены в виде клеверных листов с достаточно большим числом спаренных оснований, так что минорные компоненты ( псевдоуридин, дигидроуридин и др.) всегда оказываются в петлях, а обычные основания составляют спиральные участки. [35]

РНК ( жирная линия) и некоторых других веществ ( тонкая линия), записывали при 2537 Л - Пики, обозначенные цифрами, соответствуют следующим соединениям: 1 - 5-метилцитозину, 2 - пиримидину, 3 - псевдоуридину, 4 - 2-аминопиримидину, а - тимидину, 6-з-окспме - тилурацилу, 7 - пурину, 8 - гипоксантину, & - ксантину, ю - ксантознну, 11 - псевдоурн-цинмонофосфату, IS - тимидиловой кислоте. [36]

Известно, что псевдоуридин образуется в результате перегруппировки уридина, осуществляемой в первоначальном гранскрипте, однако химия такого превращения еще неясна. Существенным является то, что псевдоуридин, так же как и урацил, может спариваться с аденином. Основание, обозначаемое буквой Y, представляет со бой сильно модифицированный гуанин. [37]

Возможные складчатые конформации цикла рибозы в 6-псевдоуридине.| Конформеры по связи С-4 - С-5 в Р - псевдоуридине. 420. [38]

Эти константы были определены для псевдоуридина [36] и урйдина [50] путем анализа АВС-лодспектра, относящегося к протонам Hv, HS-B и Ш - с. Мы только что видели, что эти значения малы и одинаковы по величине для обоих соединений. Для того чтобы определить относительные вклады конформеров ( / /) и ( / / /), необходимо провести отнесение сигналов Нв и Не, а это, как мы видели, еще не сделано. Заселенность одного из этих конформеров в два раза превышает заселенность другого. Если допустить, что возможны отклонения от заторможенной конформации ( до 15), то рассчитанные заселенности ротамеров будут более близки. Можно было бы ожидать, что при повышении температуры константы будут стремиться к общему значению, соответствующему равной заселенности конформеров, однако для псевдоуридина этого в действительности не наблюдается. В некотором отношении эта ситуация аналогична наблюдаемой для а - и р-протонов аниона фенилаланина ( см. разд. [39]

Структура аланиновой тРНК ( одна из трех вероятных структур. на отдельных участках произошло спаривание оснований. Узнающая группа ( антикодон обведена красной рамкой. [40]

Это обозначения некоторых редко встречающихся нуклеотидов, в которые, как правило, входят незначительно измененные общеизвестные основания, уже знакомые читателю. Так, греческой буквой ф принято обозначать псевдоуридин, буква И - условное обозначение для инозина, а У - Н2 - это не что иное, как дигидроуридин - уридин, у которого на два атома водорода больше, чем обычно. Символ Me тоже вряд ли вызовет затруднения; он означает, что в молекуле имеется дополнительная метильная группа. В заключение следует еще сказать, что представленная на рис. 22 структура ( конформация) - всего лишь один из трех возможных вариантов. [41]

Эта петля несет, по-видимому, триплет оснований, образующих учас-сток, обратный кодону, или антикодон, по которому в процессе реализации генетической информации происходит узнавание соответствующей аминокислоты ( стр. По обе стороны антикодона могут располагаться два остатка псевдоуридина. [42]

Для изучения механизма повышенной экскреции дезоксицитидина у облученных крыс был применен метод изотопной индикации. Проводилось сопоставление удельных активностей дезоксицитидина, дезоксиуридина и псевдоуридина ( метаболита РНК), экскретируемых с мочой в первые 10 час. [43]

Нуклеотидная последовательность дрожжевой аланиновой тРНК, определенная Холли и его сотрудниками и изображенная в форме клеверного листа, В дополнение к A, G, U и С использованы следующие символы для модифицированных нуклеозидов. - псевдоуридин, I-инозин, Т - риботимидин, DHU-56 - дигидроуридин, m I-1 - метилинозин, m G-1 - ме-тилгуанозин, ш2С - К2 - диметилгуанозин. Модифицированные нуклеозиды даны на красном фоне. Красные линии между параллельными участками молекулы обозначают комплементарные пары оснований. Антикодон обладает способностью узнавать алаииновые кодоны в мРНК. Другие особенности структуры тРНК отмечены в тексте и на 29 - 4. В РНК G может образовывать пары и с С, и с U, хотя пара G-U не так стабильна, как уотсон-кри-ковская пара G-C.| Обобщенная вторичная структура, характерная для всех тРНК. Если изобразить структурные формулы тРНК с учетом принципа образования максимального числа внутримолекулярных пар, то для всех тРНК они принимают форму клеверного листа. Черные кружки на остове молекулы обозначают нуклеозид-ные остатки, а красные линии проведены между комплементарными основаниями. Положения, занимаемые во всех тРНК одними и теми же основаниями, выделены красным фоном. Размеры тРНК варьируют от 73 до 93 нуклеотидов. Добавочные нуклеотиды встречаются в дополнительной и дигидроуридиловой ветвях. На вершине антикодоновой ветви расположена ан-тикодоновая петля, которая всегда содержит семь неспаренных нуклеотидов. В состав дигидроуридиловой ветви обычно входит до трех остатков DHU. [44]

В некоторых тРНК дигидроуридиловая ветвь состоит всего из трех пар оснований, соединенных водородными связями. Обозначения: Ри-пуриновый нуклеозид, Ру-пиримидиновый нук-леозид, / - псевдоуридин, С - гуанозин или 1 - О-метилгуанозин, Т - риботимидин, DHU-ди-гидроуридин. [45]

Страницы: 1 2 3 4 5