Белковая глобула
Cтраница 4
Обычно эти молекулы должны находиться в контакте с водным растворителем, а ионная сила раствора и концентрация водородных ионов должны быть подобраны он редел, образом. Молекулы поды, примыкающие к поверхности белковой глобулы, расположены уиорядочонно, а в пространстве между глобулами - разупорядочены. [46]
Фактически речь идет о том, что белковая глобула может существовать в нескольких конформационных состояниях, равновесие между которыми устанавливается во времени. Соответствующие конформационные состояния активного центра могут отличаться как по сорбционной, так и реакционной способности в отношении субстрата или эффектора. Следовательно, кинетика конформационных изменений может отражаться в общей скорости ферментативной реакции. [47]
Однако по сравнению с обычными конденсированными средами - кристаллами, аморфными телами и т.п. - белковые глобулы обладают весьма своеобразным характером флуктуации и движений. Например, некоторые дефекты типа перестановки атомов в белковой глобуле начисто запрещены из-за топологических ограничений на проход друг сквозь друга участков цепи. Существует и еще ряд типов возмущений, которые из-за кинетических ограничений практически не встречаются в белках или встречаются очень редко - гораздо реже, чем в меру своей энергии активации они встречались бы в равновесии. [48]
Изложенные здесь представления требуют развития и уточнения. Можно думать, что аминокислотные остатки в разных областях белковой глобулы различаются незаменимостью - ценностью. В области активного центра остатки более незаменимы. Вне активного центра заменимость велика, ценность мала. [49]
Туг-35, тетранитрометаном не влияет на токсичность. Второй остаток, Туг-25, по-видимому, утоплен в белковой глобуле, но в присутствии гидрохлорида гуанидина может быть пронитрован, что приводит к потере активности. Поскольку этот остаток погружен в белок, он, вероятно, не взаимодействует с холинэргическим рецептором, но важен для поддерживания правильной конформации молекулы токсина. Вблизи рецептора располагаются или вступают во взаимодействие, по-видимому, боковые радикалы сразу нескольких аминокислотных остатков и модификация некоторых из них не может в достаточной степени пролить свет на механизм действия токсина. Проведен твердофазный синтез токсина кобры [28]; возможно, что синтез аналогов с природными или неприродными аминокислотами, замещающими остатки в определенных участках молекулы, позволит получить ценную информацию о взаимосвязи между структурой и токсичностью. [50]
Условность понятия активный центр связана также с тем, что его не удается выделить в чистом виде. Это легко представить a priori, так как вырезание из белковой глобулы какого-то числа аминокислотных остатков однозначно приводит к денатурации и разобщению сближенных и ориентированных друг по отношению к другу химических группировок, составляющих активный центр фермента. [51]
Рассматривая важную проблему денатурации белков в процессе хроматографии, авторы отмечают, что опасность связана не столько с относительно кратковременным пребыванием белка в водно-органическом растворителе, сколько с самим актом гидрофобного взаимодействия белка с матрицей. В результате этого взаимодействия могут нарушиться внутренние гидрофобные связи в белковой глобуле, от которых зависит сохранение ее нативной структуры. [52]
Водородные связи достаточно лабильны сами по себе, причем уязвимость их увеличивается при образовании вторичной структуры, так как карбоксильные и аминные группы могут взаимодействовать не только между собой, но и с водой. Оказалось, что вторичная структура является достаточно устойчивой только при образовании компактной белковой глобулы. [54]
Страницы: 1 2 3 4